羊肚菌（Morchella spp.）是一类珍稀食用和药用真菌，具有重要的经济和科研价值。随着栽培技术和管理模式的不断完善，种植规模不断扩大，目前除海南省、台湾省、香港、澳门等地区外，均有栽培，是近年来快速发展的主要食用菌品种。羊肚菌凭借“投资周期短、劳动强度低、效益明显、种植成功回报率高、种植简单”等特点，成为各地政府进行脱贫攻坚和乡村振兴重点扶持的农业特色产业。但近三年，我国羊肚菌主产区，如：四川绵阳、成都，云南保山、腾冲、永胜、怒江和楚雄等地超过70%的种植者无法获得稳定的利润。因此，羊肚菌的规模化种植（连片50亩以上）仍是个“高风险”项目。

中国科学院昆明植物研究所杨祝良专题攻关组对我国羊肚菌主产区，云南嵩明、武定和四川广汉、德阳的23份土壤样品的真菌和细菌进行Illumina MiSeq高通量测序，探究真菌、细菌群落和羊肚菌产量之间的相互关系。发现：1）与未栽培羊肚菌的土壤相比，栽培羊肚菌的土壤样品中，菌群落组成（包括真菌和细菌）的多样性呈现了不同程度地下降趋势；2）间作一年土壤与未种植土壤的菌群落组成无显著性差异；3）羊肚菌高产土壤（产量≥1500kg/ha）中，参与固氮和硝化的细菌占据网络中心位，如Arthrobacter，Bradyhizobium，Devosia，Pseudarthrobacter，Pseudolabrys和Nitrospira，可能促进了羊肚菌结实；4）羊肚菌低产或绝产地（产量<450kg/ha）中，致病真菌，如Gibberella，Microidium，Penicillium，Sarocladium，Streptomyces和Trichoderma为优势群落，土壤微生物群落真菌化或是羊肚菌绝收或低产的影响因素之一。

研究成果为羊肚菌设施化、工厂化栽培基质筛选和农法栽培连作障碍形成机制研究提供了理论参考。该研究成果近日以Morel Production Associated with Soil Nitrogen-Fixing and Nitrifying Microorganisms为题在微生物学期刊Journal of fungi上发表，于凤明为论文第一作者，赵琪高级工程师为通讯作者。